ESXi lavora in memoria. Quindi qualunque modifica tu faccia, a meno che non sia una delle poche directory salvate (ogni ora), la perderai al successivo riavvio.
La vMA è una strada possibile. Oppure direttamente PowerCLI da una macchina fisica (il server di backup o altro). Alcuni UPS hanno persino degli script che eseguono lo spegnimento di nodi ESXi.
Vanno comunque spente prima le varie VM e poi vCenter e gli host.